Ce deuxième article, d’une série de deux portant sur l’approche physiologique de la sémiologie psychiatrique, propose d’explorer la place de la physiologie et de la sémiologie clinique suivant une approche de biologie systémique. Alors que l’approche de la sémiologie psychiatrique a été intiment liée à la construction des classifications contemporaines des troubles psychiatriques, deux approches tendant à se détacher des nosographies classiques ont été proposées : le projet psychosystems et le modèle de Cambridge. Pour chacune de ces approches seront présentés le principe général, le lien avec la physiologie et la sémiologie, et les limitations principales. Il sera proposé d’englober le projet psychosystems ainsi que le modèle de Cambridge suivant une perspective de biologie systémique qui pourrait permettre de réintégrer la sémiologie comme un niveau essentiel de l’approche des troubles mentaux, entre fait biologique et valeur sociale. Les enjeux de telles contraintes biologiques et sociales seront abordés suivant une approche épistémologique, notamment à travers les questions soulevées par la neurophénoménologie, afin de proposer une perspective de neurophysiologie clinique à la psychiatrie : c’est-à-dire d’une neurophysiologie qui prenne au sérieux le savoir clinique historiquement constitué de la psychiatrie, mais aussi d’une clinique qui ne dénigre pas les avancées en neurophysiologie sur la compréhension du fonctionnement cérébral.